一般新风系统的维护可以分为常规操作和专业操作，常规操作自己就可以搞定，而专业操作则需要专业人员来完成。
常规操作
1、更换或清洗滤网
按照要求进行清洗或更换过滤网，一般高效滤网(6-12月/次更换)、初、中效滤网(2-3月/次更换)。如果是雾霾污染较为严重的地区，须三个月左右对高效和初、中效滤网进行更换或清洗。
2、清洁新风机的出、入风口
新风系统长期运行后，出、入风口会吸附大量空气中的灰尘，风口上堆积的灰尘或蚊虫过多会影响风量，所以出、入风口需着重清洁，可以采用小苏打加白醋浸泡湿巾进行擦拭。
其次是室外的风口也需定期清洁，如果楼层位置不高可以自行清洗，如果是住在高层，为了人身安全，尽量请专业维护人员清洁。
专业操作
1、定期清洁控制面板和管道
长期使用新风机的控制面板，因静电原因，会吸附灰尘或聚集潮气，容易导致控制面板失灵或元件损坏，造成使用不便。其次，清洁控制面板时，让专业人员对新风系统，管道气密性进行检查，如果新风系统的风管开裂，会造成漏风，影响使用效果。
2、定期清洁换气主机
机器使用过程中风机无时无刻不在转动，大气中的灰尘微粒很多，在长期的抽、回风作用下，风机极易积满灰尘污垢，会影响热交换效果;另一方面还会影响室内外通风换气的进行。如果发现机器噪音大了或风机风速下降，需请专业人员进行清洁(一般为6个月一次)，以免保养不当而降低其使用寿命。
3、定期清洗热交换芯
若热交换芯长期不维护，会导致热交换效率下降，让室内温度不稳定。此外，热交换芯体的清洗须请专业维护人员进行，才能达到有效清洗的目的。
